其优点如下：第一，公文的安全性。电子公文文件具有保密性和不可抵赖性的特点，是绝对不允许在网络传输过程中被截取和篡改的。第二，传输的高效性。本系统在进入数据加密之前，首先进行了LZW算法的数据压缩处理，文本文件的压缩率将近1/1000，从而有效控制了公文传输的数据量；第三，操作的简便性。
本系统设计时仿照电子邮件的操作模式，类似收件箱、发件箱的操作，操作人员只要会电子邮件的收发，就能立即掌握系统的基本操作。第四，环境的适用性。系统提供图形化的电子公文传输模式，从而使公文接收端无需与公文的发送端具有相同的软件环境。第五，系统的集成性。
本系统提供了以复印件图片文件形式输出公文的能力，以使其他系统可以直接利用所接收的公文数据，与其他系统进行集成。但电子公文也有其缺点：第一，信息化基础比较薄弱，各地发展不平衡。第二，信息化观念落后，对电子公文的性质和作用认识不足。第三，电子公文处理系统功能单一，层次不高。
第四，安全隐患不容忽视，保密观念还需加强。第五，资金投向失衡，开发与应用脱节。第六，规划滞后，标准不统一。第七，复合型人才缺乏，公务员知识结构亟待改善。第八，电子公文立法空白，效力难以认定。 电子文件确实具有诱人的魅力：它存储密集、便于修改、传输快捷、查找迅速、输出灵活，各种媒体信息的集成化利用，可以产生图文声像并茂的效果，这些优点都是纸质文件所无法比拟的。
然而，纸质文件所具备的载体耐久、内容直观、信息稳定、管理简便、真实可靠，且具有原始凭证作用等优点，也是电子文件暂时所无法替代的。虽然纸质公文具有传输速度慢、检索不方便、无法异地同时传发、浪费资源等缺点，但在没有可靠的软件和硬件的基础之上其存在还是非常必要的。
鉴于现阶段电子和纸质文件的优缺点相互补充，相互无法取代的实际情况，以及借鉴国外的经验，当前还是采取“双轨制”运行模式为好。所谓“双轨制”就是让纸质和电子载体的公文、档案相互长期共存，优势互补，综合利用。目前的首要任务是，从档案学的基本原理和档案工作规律出发，积极探索电子文件和档案管理的办法，夯实管理基础，开展科研攻关，更新思想观念，普及电子文件的管理知识，待条件成熟后，逐步实现“有纸”向“无纸”的过渡。
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